भारतीय इतिहास का मध्यकाल, जिसका विस्तार लगभग दसवीं शताब्दी से अठारहवीं शताब्दी के मध्य तक रहा, मुस्लिम शासन के अधीन शिक्षा प्रणाली में आए महत्वपूर्ण परिवर्तनों का साक्षी बना। दिल्ली सल्तनत और तत्पश्चात मुगल साम्राज्य की स्थापना के साथ ही, इस्लामी शिक्षा पद्धति ने पूर्ववर्ती वैदिक एवं बौद्धकालीन परंपराओं का स्थान ले लिया और नए संस्थानों एवं पाठ्यक्रमों के साथ नई शिक्षण पद्धतियों का सूत्रपात हुआ।
मध्यकालीन भारत में शिक्षा व्यवस्था मुख्य रूप से दो स्तरों—प्राथमिक एवं उच्च शिक्षा—में विभक्त थी। प्राथमिक शिक्षा का केंद्र मकतब होते थे, जहां शिक्षार्थियों को आधारभूत साक्षरता, अंकगणित एवं प्रारंभिक धार्मिक सिद्धांतों का बोध कराया जाता था। इसके विपरीत, उच्च शिक्षा का उत्तरदायित्व मदरसों पर था, जो अधिगम के प्रमुख केंद्र के रूप में उभरे। दिल्ली के मुइज्जी, नासिरी और फिरोजी जैसे प्रसिद्ध मदरसे तथा बीदर में मोहम्मद गवानी द्वारा स्थापित मदरसे ने बौद्धिक जीवन में महत्वपूर्ण भूमिका निभाई। इन संस्थानों को सामान्यतः शासकों, कुलीनों, धार्मिक अक्षयनिधियों (वक़्फ) और जनसाधारण के दानों से सहायता प्राप्त होती थी।
मदरसों में पाठ्यक्रम को पारंपरिक (मनकूलात) और तर्कसंगत (मकूलात) विज्ञानों में वर्गीकृत किया गया था। पारंपरिक विषयों में धर्मशास्त्र, इस्लामी कानून, इतिहास और साहित्य शामिल थे, जबकि तर्कसंगत विज्ञान के अंतर्गत तर्कशास्त्र, दर्शन, गणित, खगोलशास्त्र, चिकित्सा और भूगोल सम्मिलित थे। समय के साथ, विशेष रूप से मुगल काल में, तर्कसंगत और धर्मनिरपेक्ष विषयों पर अधिक बल दिया जाने लगा। अकबर और हुमायूं जैसे बादशाहों ने अनुवाद, वैज्ञानिक अध्ययन और व्यावसायिक शिक्षा को प्रोत्साहित किया, जिससे पाठ्यक्रम अधिक समावेशी और व्यापक बन सका।
मदरसा शिक्षा में अनुशासन, गुरु–शिष्य के निकट संबंध, मौखिक निर्देश तथा व्यावहारिक अध्ययन पर विशेष बल दिया जाता था। यद्यपि पर्दा जैसे सामाजिक प्रतिबंधों के कारण शिक्षा मुख्यतः पुरुष-प्रधान थी, तथापि अभिजात वर्ग के परिवारों की महिलाओं को घर पर शिक्षा प्राप्त करने के अवसर दिए जाते थे। समग्र रूप से, भारत की मध्यकालीन शिक्षा प्रणाली में धार्मिक, बौद्धिक और व्यावसायिक उद्देश्यों का समन्वय दिखाई देता है, जिसने एक सुव्यवस्थित किंतु निरंतर विकसित होती शैक्षणिक परंपरा को आकार दिया।
